雖然近來各界對ECFA有諸多的討論與研究，但對ECFA對台灣企業出走的影響並未受到充分重視。這一方面是因為企業出走屬於動態投資的部分，一般貿易模型很難估算，另一方面可能導因於刻意的被忽視。
兩岸長期經貿關係對台灣產生最大的負面影響不在進出口上，而是在於企業出走大陸造成台灣產業空洞化。因此，在評估ECFA對台灣經濟影響時，若僅評估貿易上的影響，而忽略對台灣造成長期威脅的企業出走，這樣的評估是不具任何意義的。
況且，政府一再表示簽訂ECFA可以避免台灣邊緣化，可是企業出走就是邊緣化最重要的表徵之一。若不評估這方面的影響，是不可能得到ECFA可避免台灣邊緣化的結論。
企業出走代表企業將產生附加價值的活動由本國移至他國，將使國內的失業率升高，產值降低，當然也會導致出口減少而降低ECFA所帶來的貿易創造效果。這些都是標準的邊緣化的表徵。ECFA若真的可以避免邊緣化，至少需做到減少台灣企業的出走。
但很不幸的是，如果台灣「僅」與大陸簽訂ECFA是完全無助於減少台灣的企業出走，亦即無法減緩台灣邊緣化的問題。由於大陸的打壓，台灣在國際間簽訂FTA競賽中缺席，落得現在必須面對邊緣化的下場，所以我們也不得不假設儘管大陸與我國簽訂ECFA，但仍會對我國與他國簽訂FTA進行打壓。在這個前提下，假設我國僅與大陸簽訂ECFA，而大陸卻與其他許多重要貿易伙伴簽訂FTA（例如東協加三等），結果將導致國內企業出走加劇而不是減緩。在此情形下，以下的企業將會出走：
1. 從事出口的企業：由於貨品由台灣出口至大陸以外的地區需要被課以關稅，而由大陸出口就可免關稅，企業均會尋求由大陸出口，加上FTA中的原產地規定，企業必須外移大陸設廠生產才能由大陸出口。[1]大陸與越多國家簽訂FTA，由大陸出口的獲利就越大，台灣企業出走大陸的動機就越強。台灣邊緣化的問題隨著大陸簽訂FTA數量的增多而加重，簽訂ECFA並無法減緩此一趨勢。。
2. 需從第三國進口原物料的企業：有些製造業的原物料需由大陸以外的國家進口，但如在台灣進口需交付關稅，但若外移至大陸生產，進口原物料就可免除關稅，相當有利於業者降低成本。這些出走的企業有從事出口的企業，也有專門（或部分）經營台灣內需市場的企業。由於台灣與大陸之間的貨物進出免除關稅，專門（或部分）經營台灣內需市場的企業也會轉移至大陸生產，然後以零關稅轉內銷的方式在台銷售。
3. 受大陸進口貨品影響的企業：由於ECFA的簽訂，有些台灣企業受到大陸進口貨品的衝擊而無法生存，由於兩岸間的密切往來，這些企業可能不會選擇在台重新創業，而會選擇在商機較大的大陸創業，或者乾脆將本業轉移至大陸，改而經營大陸本土市場。
由此可知，如果大陸與其他國家簽訂FTA的進展順利而仍限制台灣與他國簽訂FTA，勢必在台灣掀起另一波企業出走潮。此證明以簽訂ECFA來解除台灣邊緣化危機是開錯藥方。如果台灣簽訂FTA僅止於與大陸的ECFA，那麼簽訂ECFA對台灣經濟發展是一種傷害，而不是助益。
但若能以ECFA作為與其他國家簽訂FTA的跳板，那將是另一種完全不同的結果。也就是說，一個ECFA簽訂將會出現兩種不同的結果，其中端視政府的能力與解救台灣未來的決心。 若ECFA的簽署無法促使大陸放棄打壓台灣與其他各國簽訂FTA，那麼ECFA對台灣而就是一個有害無益的協定，當然也就失去簽訂的意義。
[1] 當然廠商也可以選擇外移到其他FTA的核心國家，不一定要到大陸，然而由於大陸已逐漸成為東亞FTA核心國，加上有利的生產條件與台商選擇外移時的偏好等因素，廠商選擇外移至大陸的機率非常高。
